El 25 de marzo de 1816 la salud de Miranda declino tan rápidamente que nunca más estuvo en condiciones de intentar la realización de sus planes de evasión. En la noche, sufrió según dijo su fiel servidor Pedro José Moran, un ataque de apoplejía que amenazo poner termino a su vida. Cuando se restableció de este mal, enfermo de fiebre tifoidea. Pocos días después, tuvo una meningitis y una hemorragia bucal que le redujeron a la última extremidad. Entonces, el inválido prisionero fue trasladado al Hospital del Arsenal de La Carraca. Hubo cuatro consultas medicas, y los hombres de ciencia declararon, según dice Moran, que no había perspectivas de curación.
En las primeras horas de la mañana del 14 de julio de 1816, en el Hospital de La Carraca, el primer apóstol de la independencia sudamericana entrego su alma al creador. Pedro J. Moran, que junto a los papeles cuidadosamente guardados por su amo, se quejo de que los frailes y sacerdotes que rodeaban el lecho de muerte de Miranda no le permitieron cumplir ningún rito funerario por el extinto.”En los términos que expiro-agrega el criado-, con colchón, sabanas y demás ropas de cama, lo agarraron y se lo llevaron para enterrarlo; de seguida vinieron y se llevaron todas sus ropas y cuanto era suyo para quemarlo.”
Los restos del prisionero de estado, cuyo certificado de defunción menciona que su proceso seguía pendiente y que era soltero, fueron sepultados en el pequeño cementerio del barrio al cual pertenecía La Carraca. Allí, el viejo soldado empezó su última guardia.
Como el cementerio del barrio de la Carraca fue clausurado medio siglo después, sin que hubiesen trasladado las cenizas de Miranda, el mundo ignora donde se halla su tumba. Aunque el capitán general del departamento de Cádiz transmitió a Madrid la noticia de que Miranda había fallecido de muerte natural, pronto circularon extraños rumores. En Venezuela se dijo que no se sabía a ciencia cierta si el dictador caído había muerto de pena, envenenado o ejecutado secretamente. Mas tarde, las melancólicas circunstancias de ese fallecimiento, así como el conocimiento de los reales servicios que presto a la causa de la independencia hispanoamericana, dieron motivo a sus compatriotas para considerar como mártir a don Francisco de Miranda.
W. S. Robertson. La Vida de Miranda (Cautiverio en cárceles Españolas) págs. 419-420